长三角国际科创大赛设竞赛指导委员会和竞赛组织委员会（以下简称大赛组委会）。大赛组委会下设专家评审委员会、技术测评委员会、仲裁委员会和大赛秘书处，各机构各司其职、协同履职。

长三角国际科创大赛竞赛指导委员会是大赛战略发展和重大决策的咨询机构，由学术、科技、教育、金融等领域的著名学者专家组成，主要负责为大赛发展提供前瞻性、指导性意见和建议。

大赛组委会为长三角国际科创大赛的最高决策机构，由主办单位、承办单位有关负责人组成，各专项赛组委会主任委员，各高校分管创新创业、产学研融合、学科建设、人才培养负责人，企业高管及投资机构负责人组成。其主要职责包括：

（一）审议、修改大赛章程；

（二）确定大赛办赛宗旨、目标、原则和机制；

（三）规划顶层设计及制度安排，审定赛事管理规定；

（四）审定赛事规划及年度赛事主题设置；

（五）审定年度赛事实施方案；

（六）指导、监督各场景专项赛事组织实施；

（七）考核、评估各专项赛办赛质量与实施成效；

（八）裁定赛事组织实施过程中的违规违纪事件，作出处理决定；

（九）统筹决议大赛各项常态化、创新性工作事项；

（十）审定赛事评审结果，统筹开展赛事表彰奖励工作。